Su quinta y definitiva fundación tuvo lugar en 1372 como monasterio benedictino. La familia de los Mendoza, y en particular el Marqués de Santillana, protegió decididamente este cenobio, de cuya época de esplendor hay en el Museo del Prado unas importantísimas tablas hispano-flamencas del siglo XV en que aparece un retrato del propio Marqués de Santillana o de su hijo el primer Duque del Infantado.

Se conservan parte de los muros exteriores. En el extremo norte estuvo la Iglesia, de la que sólo quedan las cuatro enormes basas del crucero, y algunos restos de claves y nervios de la bóveda caídos por el suelo.

En la que parece fue antigua Sacristía, situada en el ángulo noreste del edificio principal del monasterio se aprecian arranques de bóveda nervada de tradición hispánica, es decir no cruzándose los nervios de su centro, como sucede en la Mezquita cordobesa (Al-Hakam). El paso de la planta cuadrada a la octogonal se hace por medio de formas aveneradas, solución ya renacentista.

El claustro se comenzó en el siglo XVII, siendo abad fray Alonso Ortiz. Consta de dos arquerías superpuestas, sostenidas por recia columnata la de abajo y algo más ligera la superior, dentro de un estilo toscano, puramente clasicista, muy herreriano. Es la pieza artística que mejor se conserva y que confiere todo el valor de riqueza espiritual que hoy tienen las ruinas de sopetrán.

Declarado Bien de Interés Cultural con la categoría de Monumento por decreto 10/1994 de 1 de febrero de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha.

Durante los años 70, antes de ser declarado Bien de Interés Cultural, su propietario realizó obras con el fin de restaurarlo y convertir el monasterio en residencia de ancianos, también construyó en la finca una hospedería. A su fallecimiento donó toda la finca a una congregación religiosa para que terminara la obra que comenzó.
En la década de los 90 intentó instalarse en el Monasterio Proyecto Hombre y contó con el rechazo de muchos habitantes de los pueblos del alrededor que decidieron comprar el Monasterio creando la Coordinadora Monasterio de Sopetrán, SA. Los benedictinos volvieron al monasterio durante unos años y rehabilitaron la hospedería que funcionaba también como lugar de actividades culturales y como iglesia, creando una actividad social importante alrededor del monasterio. A su marcha volvieron a dejar el monasterio y su entorno en un profundo silencio. Los propietarios intentaron buscar salidas a la finca, por un lado arrendando la hospedería y por otro buscando compradores. Actualmente una sociedad se ha hecho cargo de la Coordinadora mientras que la hospedería sigue su camino por su cuenta como hotel-restaurante. 

Hospedería junto a la carretera

Junto al monasterio hay un molino movido por las aguas del Badiel.

Los planes actuales para el monasterio se pueden consultar n la web de la Coordinadora Monasterio de Sopetrán: www.sopetran.net

La hospedería tiene su propia página web: www.hospederiadesopetran.com